PTEGF

Mot de la responsable

Crée en 2001 comme plateau de séquençage Sanger, la PTEGF rassemble aujourd’hui des équipements dédiés à l’analyse des acides nucléiques et des outils de génomique, transcriptomique, bio-informatique ainsi que l’imagerie à fluorescence.

L’objectif de la plateforme est de mettre à disposition des technologies de pointes liées à l’étude des écosystèmes forestiers et des interactions arbres-champignons-bactéries et d’apporter aux chercheurs l’expertise et le savoir-faire associée.

La plateforme est ouverte aux demandes émanant de laboratoires de recherche sous la forme de collaboration scientifique ou de mise à disposition d’équipement.

Annegret Kohler

Directrice scientifique

Adresse

PTEGF
Institut National de la Recherche Agronomique
Centre INRAE Nancy-Lorraine
Route d’Amance
54280 Champenoux

Direction

Annegret KOHLER
Directrice scientifique

Contact

annegret.kohler@inrae.fr

Téléphone

03.83.39.40.72

Site internet de la plateforme

https://mycor.iam.inrae.fr/IAM/?page_id=6365

Présentation

La plateforme technique d’écogénomique fonctionnelle (PTEGF) rassemble des équipements dédiés à l’étude des écosystèmes forestiers et des interactions arbres-champignons-bactéries via des outils de génomique, transcriptomique, bio-informatique ainsi que l’imagerie à fluorescence.

Elle fait partie de l’UMR Interactions arbre-microorganismes (IAM) et elle est localisée sur le campus de Champenoux d’INRAE.

Outils / Matériels

Real time PCR

Nanodrop 1000

Fragment Analyzer

Qubit

Tape Station 2200

Digital PCR

Robot Pipetteur

SEQstudio

Cluster de calcul Baie de stockage

Équipement de la plateforme PTEGF

Composante Génomique

Contrôle qualité des acides nucléiques

Fragment Analyzer
TapeStation 2200
Nanodrop 1000
Qubit 2.0

Analyse des acides nucléiques

Droplet Digital PCR system
SeqStudio Genetic analyzer
qPCR Rotorgene
Robot de pipetage Qiagility
qPCR StepOnePlus
qPCR Mic

Composante Bioinformatique

Cluster de calcul
Baies de stockage

Composante Microscopie

Nos équipements étaient intégrés dans le pôle Imagerie-Microscopies de SILVATECH

https://www6.nancy.inrae.fr/silva/Plateformes/SilvaTech

Publications

-Publications techniques :

Fauchery, L., Koriabine, M., Moore, L. P., Yoshinaga, Y., Barry, K., Kohler, A., & U’Ren, J. M. (2022). Tissue Cultivation, Preparation, and Extraction of High Molecular Weight DNA for Single-Molecule Genome Sequencing of Plant-Associated Fungi. In Microbial Environmental Genomics (MEG) (pp. 79-102). New York, NY: Springer US.
Fauchery, L., Uroz, S., Buée, M., & Kohler, A. (2018). Purification of fungal high molecular weight genomic DNA from environmental samples. Fungal Genomics: Methods and Protocols, 21-35.

Protocoles d’extraction d’ADN de haut poids moléculaire développés ou améliorés par le PTEGF pour les champignons ectomycorhiziens.

-Publications selectionnées :

Bonito, G., Miyauchi, S., Hayes, R. D., Tan, H., Kuo, A., Robinson, A., … & Martin, F. M. (2025). Pangeneric analyses reveal the divergent genome evolution and ecologies between morels and truffles in the Morchellaceae. Current Biology, 35(17), 4135-4150.
Marqués‐Gálvez, J. E., de Freitas Pereira, M., Nehls, U., Ruytinx, J., Barry, K., Peter, M., … & Kohler, A. (2025). Comparative transcriptomics uncovers poplar and fungal genetic determinants of ectomycorrhizal compatibility. The Plant Journal, 123(2), e70352.
Auer, L., Buée, M., Fauchery, L., Lombard, V., Barry, K. W., Clum, A., … & Martin, F. M. (2024). Metatranscriptomics sheds light on the links between the functional traits of fungal guilds and ecological processes in forest soil ecosystems. New Phytologist, 242(4), 1676-1690.
Plett, J. M., Miyauchi, S., Morin, E., Plett, K., Wong-Bajracharya, J., de Freitas Pereira, M., … & Kohler, A. (2023). Speciation underpinned by unexpected molecular diversity in the mycorrhizal fungal genus Pisolithus. Molecular biology and evolution, 40(3), msad045.
Wu, G., Miyauchi, S., Morin, E., Kuo, A., Drula, E., Varga, T., … & Martin, F. M. (2022). Evolutionary innovations through gain and loss of genes in the ectomycorrhizal Boletales. New Phytologist, 233(3), 1383-1400.
Miyauchi, S., Kiss, E., Kuo, A., Drula, E., Kohler, A., Sánchez-García, M., … & Martin, F. M. (2020). Large-scale genome sequencing of mycorrhizal fungi provides insights into the early evolution of symbiotic traits. Nature communications, 11(1), 5125.
Kohler, A., Kuo, A., Nagy, L. G., Morin, E., Barry, K. W., Buscot, F., … & Martin, F. (2015). Convergent losses of decay mechanisms and rapid turnover of symbiosis genes in mycorrhizal mutualists. Nature genetics, 47(4), 410-415.

La majorité des extractions d’ADN des génomes de champignons ectomycorhiziens utilisés dans ces publications, ainsi que de nombreuses analyses bioinformatiques, ont été réalisés par le PTEGF.

Personnels