Chèr·es membres de LéCOMIC,
Comme chaque année, nous organisons un événement destiné à renforcer les liens entre écologues microbiens travaillant en Lorraine. Celui-ci se tiendra le 16 décembre 2025, en salle 16 à l’Ensaia. Accueil à 8H30 et début des ateliers à 9H00.
Pour cette édition, nous avons choisi d’organiser la journée autour d’ateliers présentant différentes techniques et méthodologies développées au sein de notre communauté et susceptibles d’intéresser un large public. Chaque atelier (1h) comprendra une introduction à la technique, suivie de démonstrations, d’étude de cas et d’un temps d’échange afin de vous permettre de mieux les connaître et de potentiellement les mobiliser dans vos futurs projets.
Les trois ateliers retenus sont :
- Métabarcoding : Lucas Auer (IaM)
- Métagénomique shotgun : Alexis Dijamentiuk (Libio)
- Métabolomique : Marceau Levesseur (IaM)
Souhaitant également préserver un temps convivial d’échanges, notamment avec nos jeunes chercheurs (doctorant·es et post-doctorant·es), nous organiserons une session poster durant l’apéritif. Les doctorant.es en première année sont également invité.es à présenter des posters d’introduction à leur sujet pour les faire connaitre (n’hésitez pas à recycler pour les autres).
La salle ne pouvant accueillir plus de 50 personnes, nous vous invitons à vous inscrire via le lien ci-dessous et à indiquer si vous souhaitez présenter un poster (deadline : 9 décembre).
https://evento.renater.fr/survey/lecomic-2025-7s8gvolz
N’hésitez pas à faire circuler ce message à vos collègues et étudiants qui pourraient être intéressés et à nous indiquer si des personnes souhaitent être intégrées à la mailing list.
Descriptif des ateliers
- Métabarcoding : Lucas Auer (IaM)
Le métabarcoding s’est largement diffusé au cours de la dernière décennie et offre aujourd’hui la possibilité d’étudier la biodiversité microbienne à grande échelle. Son usage s’est généralisé, mais ses limites et faiblesses sont très souvent peu connues, et/ou mal prises en compte. Cet atelier explorera l’impact que les aspects techniques et méthodologiques ont sur l’analyse bioinformatique, avant de présenter les avancées technologiques récentes et les bouleversements qu’elles pourraient entraîner dans les années à venir. Il ouvrira enfin une discussion sur les aspects pratiques nécessaires pour mettre en œuvre ces approches sur des projets de recherche.
· Métagénomique shotgun : Alexis Dijamentiuk (Libio)
La généralisation des approches multi-omiques au cours des dernières années a permis de nombreuses avancées dans la connaissance des écosystèmes microbiens. Parmi ces approches, la métagénomique shotgun permet notamment d’explorer le potentiel fonctionnel de communautés microbiennes. Cet atelier a pour objectif de présenter cette approche, ses apports et ses limites, ainsi que les ressources nécessaires à son intégration dans un projet de recherche. Il sera illustré par des exemples issus d’un projet en cours de réalisation, et suivi par un moment d’échange.
- Métabolomique : Marceau Levesseur (IaM)
La métabolomique permet d’obtenir une photographie des concentrations de petites molécules présentes dans un système biologique et ainsi d’appréhender sa chimiodiversité. Cette approche s’applique à de nombreux domaines scientifiques, y compris l’écologie microbienne, où elle permet d’explorer des interactions et le fonctionnement métabolique de communautés. Cet atelier a pour but de familiariser un public non spécialiste à la métabolomique par LC‑MS/MS à travers une introduction brève à la spectrométrie de masse, les principales stratégies analytiques employées, ainsi que les outils chimio-informatiques utilisés pour analyser les données. Seront également présentés les développements récents dans ce domaine et leur intégration possible dans des projets de recherche. La session se conclura par un moment d’échanges avec les participants.
À bientôt !
Fred B, Fred C et Cyril
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Cyril Bontemps
UMR INRA 1128 Dynamique des génomes et adaptation microbienne (DynAMic)
Université de Lorraine
Faculté des Sciences et Technologies – Campus Aiguillettes – BP 70239
54506 VANDOEUVRE LES NANCY CEDEX
Tel: 00 +33 (0)3 72 74 51 30
Site web du laboratoire: http://dynamic.blog.univ-lorraine.fr/