Rapport d'activité 2016/2022 : Plateformes Scientifiques du Pôle Scientifique A2F
| Approches fonctionnelles et Structurales des InterActions cellulaires |  | ||
| Responsable : Jean-Michel GIRARDET | |||
| https://a2f.univ-lorraine.fr/asia/ | |||
| La plateforme technologique ASIA “Approches fonctionnelles et Structurales des InterActions cellulaires“, localisée à la Faculté des Sciences et Technologies, a pour objectif de rendre accessible des ressources technologiques permettant l’étude de la régulation des activités biologiques et physiologiques des protéines. Les outils disponibles sur la plateforme permettent d’aborder cette étude à différents niveaux allant de la production de protéines, l’analyse du niveau d’expression de gènes, l’analyse des interactions protéines-ligands, jusqu’à l’étude des mécanismes enzymatiques mis en jeu. La plateforme ASIA donne aujourd’hui accès à différents équipements et moyens humains destinés à offrir à une communauté d’utilisateurs des ressources technologiques de haut niveau. Rattachée au Pôle Scientifique A2F, la plateforme ASIA est ouverte et en libre accès à tout utilisateur quel que soit leur rattachement (organismes publics, entreprises…). | ||
| Événements phares : | |||
| Articles : | Temps forts : | SwitchSENSE : | Autres appareillages : |
Vous trouverez la liste des publications internationales réalisées avec l’appui de la plateforme ASIA ainsi qu’un lien d’accès aux articles à cette adresse URL : https://a2f.univ-lorraine.fr/asia/
| ASIA a obtenu la labellisation StAR-LUE*** le 05 mars 2021. La plateforme fait partie de réseaux scientifiques européen (MOSBRI) et local (ProteinLorraine). ASIA est impliquée dans la médiation scientifique et dans la formation (programme ORION, modules d’enseignement de Masters 1 et 2). | La technologie switchSENSE® (acquisition CPER Forbois-2 et FEDER en 2017) est utilisée pour l’étude des interactions biomoléculaires en temps réel. Les protéines à étudier sont immobilisées sur des nanoleviers d’ADN mobiles sur un axe et des mesures de fluorescence permettent de déterminer les constantes cinétiques et d’affinité des interactions. Outre les interactions protéines-protéines et protéines-acides nucléiques, il est possible d’étudier la fixation de très petites molécules (ions métalliques, métabolites).
| ASIA met à disposition des équipements pour la préparation et la caractérisation de métabolites (Cryomill, Soxtherm, Fibrebag), un ensemble de chaînes de chromatographie (LC-MS analytique, LC-Fluo-MS préparative, FPLC ÄKTA-pure, FPLC SEC-MALS, chromatographie Flash, HPTLC), des appareillages d’analyses des interactions moléculaires et des activités enzymatiques (switchSENSE®, ITC, qPCR, parc spectroscopique avec détections UV-visible, fluorescence, néphélométrie) ainsi que des équipements de traitement d’échantillons (ultracentrifugation, lyophilisation, évaporation de solvants par centrifugation sous vide). |
| Biodisponibilité Bioactivité |  | ||
| Responsable : Matthieu DELANNOY | |||
| http://www.urafpa.fr/index.php/plateforme/technique/3 | |||
| La Plateforme Biodisponibilité Bioactivité (Bio-DA) a pour objectif de fournir des services permettant la caractérisation de la biodisponibilité ou de la bioactivité de molécules de diverses natures. Celles-ci peuvent avoir un effet positif comme négatif sur les cibles biologiques proposées par la plateforme. La plateforme est ouverte aux demandes émanant de laboratoires de recherche ou d’entreprises sous la forme de collaboration scientifique ou de prestation. La plateforme Bio-DA, sise sur le site de l’ENSAIA, (site universitaire de Brabois, Vandoeuvre-lès-Nancy), propose des équipements, savoir-faire et modèles in vitro, ex vivo et in vivo de pointe dans les thématiques de biodisponibilité et bioactivité. Elle collabore ainsi à de nombreux projets scientifiques dans ces domaines. | ||
| Événements phares : | |||
| Articles : | Temps forts : | Appareillages : | Locaux : |
Organochlorine POPs sequestration strategy by carbonaceous amendments of contaminated soils: Toward a better understanding of the transfer reduction to laying hens Vous trouverez la liste des publications de la plateforme sur HAL via ce lien : Collection Bio-DA | Bio-DA, support à des programmes de recherche Cinq programmes lauréats d’appel à projet ANR (INSSICCA, PYROSAR, SAVE, BIOACID), ADEME (PIEGEACHLOR, Bioac’ERS), et réalisation d’expertise auprès de deux partenaires privés. | Bio-DA, support à la validation et au transfert de test de remplacement Validation de test de bioaccessibilité, test in vitro de prédiction de la biodisponibilité relative de polluants environnementaux (et une normalisation d’un test). | Fin d’aménagement en 2021 d’une nouvelle salle dédiée à la culture cellulaire permettant de caractériser le transfert et l’activité des molécules sur diverses lignées cellulaires : hépatiques, neuronales, intestinales, … |
| Plateforme d’analyse structurale et métabolomique |  | ||
| Responsable : Cédric PARIS | |||
https://ensaia.univ-lorraine.fr/fr/content/plateau-danalyse-structurale-et-metabolomique | |||
| La plateforme PASM met à disposition de la recherche académique lorraine des équipements performants pour l’analyse de biomolécules ainsi que des solutions pour la préparation et la purification des échantillons. Le cœur de compétence de la plateforme réside dans l’étude par spectrométrie de masse d’une large gamme de biomolécules d’origines diverses (végétale, animale, microbienne) : analyse structurale (LC-MSn), dosage à haute sensibilité (LC-MS/MS et GC-MS/MS), identification d’inconnus (LC-MS haute résolution et GC-EI), discrimination d’isobares (LC-MS haute résolution), analyse de mélanges gazeux par GC-MS, analyse de polymères et biopolymères (Maldi-ToF, LC-MS). Les thématiques de recherche concernées sont (i) l’exploration de la biomasse pour la production de biomolécules d’intérêt, (ii) l’optimisation de molécules actives par fonctionnalisation enzymatique, (iii) les procédés biotechnologiques pour la production de molécules d’intérêt, (iv) les études du métabolisme chez les plantes et les microorganismes, (v) l’alimentation, la nutrition et la santé ainsi que (vi) le suivi des micropolluants dans la chaine alimentaire. | ||
| Événements phares : | |||
| Publications : | Temps forts : | Appareillages : | Focus équipements : |
Production de 44 articles de rang A avec l’appui technique/scientifique du PASM
| Labellisation StAR LUE en avril 2019 (note de 3 étoiles obtenue en mars 2022). Participation au réseau local ProteinLorraine, aux réseaux nationaux RFMF (antenne locale Hauts de France, Grand-Est, Belgique), AFSEP (club Grand-Est) et MétaSP. Implication dans la formation (ED SIReNa, Master 2 ANC, BUT BMB) : cours et visites avec démonstrations sur les équipements. | Analyse structurale et quantitative : UHPLC-MS/MS « Orbitrap ID-X », UHPLC-MS/MS « LTQ XL », Maldi-ToF/ToF, GC-MS, GC-MS/MS, UHPLC-PDA-FLUO, UHPLC-PDA-MS, HPLC/IC-MS. Purification de biomolécules : LC flash, HPLC semi-prep Préparation d’échantillons : centrifugeuses, ultracentrifugeuse 100000 G, automate d’extraction en phase solide, système d’extraction accélérée par solvants, lyophilisateur pilote, HPLC-Nanospotter (préparation des cibles Maldi). | Acquisition en 2019 de 2 équipements analytiques performants et complémentaires (fonds CPER Agrovalor et FEDER), constituant une plateforme de pointe pour les études de métabolomique ciblée et non-ciblée : système LCMS haute résolution « Orbitrap ID-X » (LC-HRMS/MS), système GCMS triple quadripôle « TSQ9000 » (GC-MS/MS) équipé d’un module de thermodésorption. |
| Plateforme Expérimentale en Aquaculture |  | ||
| Responsable : Marielle THOMAS | |||
| https://www.urafpa.fr/index.php/plateforme/technique/4 | |||
| La Plateforme Expérimentale en Aquaculture (PEA) est le siège des activités du groupe projet « Domestication en Aquaculture Continentale (DAC) » de l’Unité de Recherche « Animal et Fonctionnalités des Produits Animaux » (UR AFPA). Pour mener à bien ses recherches, le groupe projet DAC mobilise, depuis avril 2014, la Plateforme Expérimentale en Aquaculture (PEA) d’une superficie de 800 m² sur le site de la Faculté des Sciences et Technologies (FST) de Vandœuvre-lès-Nancy (54500 France). La Plateforme répond aux exigences techniques et réglementaires applicables aux établissements utilisateurs d’animaux à des fins scientifiques et nécessaires à la mise en place d’expérimentations pour développer les connaissances sur la domestication de nouvelles espèces de poisson d’eau douce (ex : perche commune, sandre) en circuit fermé. Elle est agréée par la Direction Départementale de la Protection des Populations (numéro d’agrément D54-547-18). La richesse des espèces, des stades de vie et des traits biologiques potentiellement étudiés offre la possibilité de réaliser de nombreuses expérimentations dans divers domaines tels que la nutrition, la croissance, le bien-être, la génétique des poissons ou la mixité des espèces piscicoles en élevage (sandre, esturgeon, tanche, black-bass) et permet de répondre aux nombreuses interrogations émanant de la profession. | |||
| Événements phares : | |||
| Articles : | Temps forts : | Transfert : | Nouveaux équipements : |
Comparison of single- and multi-trait approaches to identify best wild candidates for aquaculture shows that the simple way fails
| La PEA au sein d’un réseau d’excellence en recherche aquacole En 2020, reconduite de notre appartenance au réseau AquaExcel (AQUAculture infrastructures for EXCELlence in European fish research) et ce jusqu’en 2025, un réseau qui réunit 22 partenaires de 13 pays. | La PEA, support à des actions de transfert de technologie Aide au développement de la perciculture dans la région Grand Est (Lucas Perche). | Aménagement en 2022 d’une nouvelle salle dédiée au Zebrafish (Danio rerio), constituée de trois batteries d’élevage complètement autonomes
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| Plateforme Expérimentale Phytotronique de Lorraine |  | ||
| Responsable : Alexandre OLRY | |||
| http://peplor.univ-lorraine.fr | |||
| Un phytotron est un outil de recherche en biologie végétale. Il permet de cultiver des plantes dans un espace confiné dans lequel les paramètres agissant sur la croissance des plantes sont régulés. Ces paramètres sont la température, l’hygrométrie, l’éclairement (intensité, spectre, période) mais aussi selon le besoin la composition de l’atmosphère (taux de CO2, d’ozone, etc.). Afin d’obtenir les conditions climatiques désirées, le phytotron est équipé d’un éclairage adapté (lampes à décharge halogénure et sodium, tubes à fluorescence, lampe à incandescence ou LED), de régulation de la température et d’humidificateurs de générant de la vapeur d’eau. Les paramètres climatiques sont programmés de façon à simuler des évolutions climatiques, suivis en continu et enregistrés. Les dispositifs expérimentaux phytotronique de l’Université de Lorraine sont regroupés au sein de l’infrastructure fédérative PEPLor, permettant de réaliser des expérimentations sous conditions climatiques contrôlées et variées (atmosphère enrichi en CO2 ou ozone, vernalisation, conditions confinées S2). La plateforme implique 5 unités mixtes de recherche UL/INRAE et UL/CNRS. Les objectifs de recherches des laboratoires associés sont de comprendre et d’exploiter l’adaptation des plantes à leur environnement (nutrition, climat, bioagresseurs…), d’évaluer la biodisponibilité des polluants et de prédire leur transfert vers les plantes. | ||
| Événements phares : | |||
| Articles : | Temps forts : | Appareillages : | |
| Publication majeure : https://www-webofscience-com.bases-doc.univ-lorraine.fr/wos/woscc/full-record/WOS:000648438500018 | Création de la fédération PEPLor en 2019 et labellisation StAR lue infra+ 3 étoiles en 2020 et renouvelée en 2022, intégration du site INRAE Champenoux en 2022, support de formation pour un module de l’école doctorale Sirena | Rénovation de la plateforme phytotronique du site ENSAIA en 2022, rénovation de deux phytotrons du site Bridoux en 2022, acquisition chambre de culture de marquage isotopique sur le site FST |
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| Plateforme Technique d’ÉcoGénomique Fonctionnelle | |||
| Responsable : Annegret Kohler | |||
| https://www6.nancy.inrae.fr/eef/Plateformes/Ecologie-fonctionnelle/Presentation | |||
| La plateforme technique d’écogénomique fonctionnelle (PTEGF) rassemble des équipements dédiés à l’étude des écosystèmes forestiers et des interactions arbres-champignons-bactéries via des outils de génomique, transcriptomique, bio-informatique ainsi que l’imagerie à fluorescence. Elle fait partie de l’UMR Interactions arbre-microorganismes (IAM) et elle est localisée sur le campus de Champenoux d’INRAE. | |||
| Événements phares : | |||
| Articles : | Temps forts : | Appareillages : | Projets internationaux : |
| Publication Nature Communications Publication Nature Genetics | Composante Génomique – Contrôle qualité des acides nucléiques (Fragment Analyzer, TapeStation 2200, Nanodrop 1000, Qubit 2.0) – Analyse des acides nucléiques (Droplet Digital PCR system, SeqStudio Genetic analyzer, Robot de pipetage Qiagility, qPCR StepOnePlus/ qPCR Qiagen Rotorgene/qPCR Mic/qPCRCFX96Biorad) Composante Bioinformatique – Clusters de calcul & Baies de stockage
Biorad QX200 Droplet Digital PCR System (acquis 2018 CPER Forbois)
| Appui à de nombreux projets internationaux de séquençage de génomes avec le US DOE Joint Genome Institute (Community Sequencing Programme) |
| Responsable : Nicolas ANGELI |  | ||
| https://silvatech.isc.inrae.fr/ | |||
| La plateforme SILVATECH est une plateforme nationale dédiée à l’analyse des écosystèmes forestiers et du bois. La gamme de techniques et méthodes développées permet des approches intégrées des échelles moléculaires à la parcelle, une capacité de décryptage des structures, propriétés et fonctions de l’arbre dans son écosystème et jusqu’au bois matériau. SILVATECH apporte une expertise analytique et une capacité de développement aux unités de recherche régionales, nationales et internationales à travers un support renforcé aux programmes de recherche intégratifs (écologie, écophysiologie, biogéochimie, fonctionnement des écosystèmes forestiers-prairiaux-aquatiques, dendrométrie, anatomie et propriétés du bois, relations structure – propriétés, sciences du bois). Elle joue un rôle accru dans les réseaux nationaux et internationaux, les actions de formation régionales et européennes, l’attractivité auprès des chercheurs internationaux. | ||
| Événements phares : | |||
| Articles : | Temps fort : | Appareillages : | Journées techniques : |
160 publications dans les revues scientifiques mobilisant Silvatech dont 20% en coauteurs assuré par utilisation de notre traçabilité d’un DOI : Structural and functional analysis of tree and wood Facility doi: 10.15454/1.5572400113627854E12.
| Organisation de l’école internationale SIFER dédiée à l’utilisation des isotopes stables en recherche forestière avec accueil d’un vingtaine d’étudiants internationaux sur une semaine. Nous session prévue en septembre 2024, partenariat en construction avec le WSL.
| Renforcement des services en matière d’analyse chimique et isotopique et d’imagerie et de mesures multimodales grâce au CPER FORBOIS 2 (2 M€ entre 2017 et 2022)
| Organisation des journées techniques de Microscopie Corrélative regroupant une trentaine de participants à l’échelle nationale et le partenariat avec le constructeur Zeiss pour des présentations plénières, des TP et des tables rondes sur 3 jours.
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