Titre du sujet de thèse :
Caractérisation évolutive et fonctionnelle d’un locus d’avirulence chez l’agent de la rouille du peuplier
Encadrants :
Pascal FREY (DR2, HDR), directeur de la thèse
Sébastien Duplessis (DR2, HDR), co-directeur de la thèse
Laboratoire d’accueil :
UMR Interactions Arbres – Microorganismes
INRA/Université de Lorraine
Centre INRA Grand Est Nancy
54280 Champenoux
http://mycor.nancy.inra.fr/IAM/
Université d’inscription de l’étudiant en thèse :
Université de Lorraine
Financement :
Région Grand Est et ANR.
Résumé de la thèse
L’objectif de la thèse proposée est d’étudier les mécanismes sous-jacents à l’évolution de la pathogénicité d’un agent pathogène, Melampsora larici-populina, responsable de la rouille du peuplier. Grâce à une étude d’association pangénomique (GWAS), nous avons récemment identifié un locus dans le génome de M. larici-populina, qui pourrait correspondre au locus d’avirulence Avr7, dont la mutation est responsable du contournement de la résistance R7 du peuplier. L’objectif de la thèse sera d’étudier cette région génomique et de valider fonctionnellement le locus d’intérêt. Il s’agirait alors du premier gène d’avirulence identifié chez ce champignon. Plusieurs approches complémentaires sont envisagées : (i) une approche de génomique comparative afin de préciser le polymorphisme dans cette région ; (ii) une approche de transcriptomique afin de préciser l’expression du gène d’avirulence et des gènes co-exprimés ; (iii) une approche de génomique fonctionnelle pour tenter d’exprimer la protéine correspondante dans un système hétérologue et de rechercher son interactant dans les cellules végétales. Ces approches originales, mais néanmoins bien maitrisées par l’unité d’accueil, ont pour ambition d’apporter une meilleure compréhension de l’évolution des génomes des agents pathogènes afin d’aider à la définition de stratégies de sélection des plantes (en particulier le peuplier) pour une résistance durable.
Candidature :
Envoyer un CV, une lettre de motivation et les coordonnées de 2 personnes de référence à Pascal Frey (pascal.frey@inra.fr) et Sébastien Duplessis (sebastien.duplessis@inra.fr) avant le 1er septembre 2018.
Compétences recherchées
Le(la) candidat(e) devra avoir de bonnes compétences en génétique, génomique, bioinformatique et en biologie moléculaire. Il(elle) devra avoir des connaissances de base en écologie et un intérêt pour la biologie évolutive et la pathologie végétale. Un goût prononcé pour le travail en équipe est indispensable.