Dynamique des Génomes et Adaptation Microbienne

DynAMic

Unité mixte de recherche INRA (UMR_A)
1128 / 1136  École(s) doctorale(s) de rattachement :
Sciences et Ingénierie des Ressources, Procédés, Produits, Environnement (RP2E)

Nombre d’équipes : 2

Présentation

L’unité Dynamique des génomes et Adaptation Microbienne (DynAMic) est une unité mixte de recherche entre l’Université de Lorraine (UL) et l’Institut National de la Recherche Agronomique (INRA). Créee en 2001, l’unité est associée avec le département Microbiologie et Chaîne Alimentaire (MICA) de l’INRA. Le laboratoire est localisé sur le site de la Faculté des Sciences et Technologies de l’UL.
Notre unité étudie deux groupes bactériens et leur écosystème respectif : les streptomycètes et le sol forestier (rhizosphère) et les streptocoques dans leurs différents écosystèmes (aliment, cavité orale et tractus digestif humain).

La thématique de recherche de l’unité concerne les mécanismes d’évolution rapide chez les bactéries. Le transfert horizontal de gènes, c’est-à-dire les échanges d’information génétique entre bactéries apparentées ou non d’un même écosystème, constitue le mécanisme prépondérant de l’évolution bactérienne. L’étude de ce phénomène inclut la caractérisation des mécanismes moléculaires du transfert de l’information génétique et de son intégration dans le génome hôte et des mécanismes de régulation de ces processus ainsi que l’étude de l’impact des séquences transférées chez la bactérie hôte (diversité du génome, nouvelles fonctions, adaptation).

Notre objectif est d’approfondir notre compréhension des mécanismes moléculaires de transfert de gènes et de leur régulation (transfert d’éléments génétique mobiles chez les streptocoques, rôle de la recombinaison homologue versus illégitime dans la variabilité génétique chez les Streptomyces) et (ii) d’étudier l’impact des gènes accessoires sur l’adaptabilité des souches. Chez les streptocoques, il s’agit d’étudier le rôle et l’impact des ICE et IME dans la dissémination des résistances aux antibiotiques et dans l’émergence de pathogènes. Pour le modèle Streptomyces, il s’agira par une approche de réverse écologie de corréler la dynamique des génomes avec leur rôle fonctionnel dans l’écosystème sol, et d’étudier l’impact de la diversité du métabolisme secondaire sur les dialogues moléculaires et sur l’homéostasie des populations microbiennes au sein de la niche. Ces recherches fondamentales sont valorisées au travers de l’exploitation du métabolisme secondaire des bactéries du sol (antibiotiques, antifongiques, anticancéreux).

Nos recherchent combinent génomique (genome mining et génomique comparée) avec des approches fonctionnelles (génétique bactérienne, microbiologie moléculaire, biochimie, structure).

L’UMR1128 bénéficie du soutien du Laboratoire d’Excellence ARBRE (ANR-11-LABX-0002-01). L’UMR est également soutenue dans le cadre de Lorraine Université d’Excellence (projet IMPACT Biomolécules, Mirabelle+).

Elle est également reconnue et bénéficiaire du programme d’excellence Agreenskills.

PLATEFORME ASIA

Pour la plateforme ASIA, je réinsiste sur le fait que la plateforme n’a pas comme objectif de se centrer sur les interactions protéine/protéine. Dès sa conception, nous avons (les 4 unités du site, PB2P ex URAFPA (future CALBINOTOX), IAM, EEF (future Sylva), DYNAMIC) défini les contours de compétences visées comme les interactions moléculaires et cellulaires. L’acquisition du Switchsens rencontre des besoins en interactions ligand/ligand (prot/prot, Acide nucl/prot…) mais d’autres niveaux d’interactions seront développés. Nous avons demandé ainsi demandé au titre d’ASIA une PCR quantitative (expression génique, approche génomique…) et d’autres équipements déjà achetés en commun comme le microscope à fluorescence DYnamic/IAM et d’autres d’unité (L2 de Dynamic, équipements de préparation de protéine/protéomique d’IAM) doivent rejoindre la plateforme et ses objectifs.

Directeur/trice

Directeur :
Bertrand AIGLE
bertrand.aigle@univ-lorraine.fr

Directrice adjointe :
Sophie PAYOT LACROIX
sophie.payot@univ-lorraine.fr


Responsables d’équipes :

Ice-Tea transfert et adaptation chez les Streptocoques :
Sophie PAYOT (Inra)

StrADa Streptomyces adaptation :
Pierre LEBLOND (Université de Lorraine)

Contact

Gestionnaire :
Layla RATEAU (Université de Lorraine)
layla.rateau@univ-lorraine.fr


Site web du labo :

http://dynamic.univ-lorraine.fr

Adresse

UMR1128
Faculté des Sciences et Technologies
UNIVERSITE DE LORRAINE
Boulevard des Aiguillettes -BP 70239
54506 Vandœuvre lès Nancy


Effectif
  DynAMic   Établissement Localisation
FST INRA APT CNRS INSERM FST INRA
PR 3 3
DR 1 1
MCF 9 9
CR
IR
BIATSS 5 2 7
Total 20