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Les laboratoires du Pôle Scientifique A2F

DynAMic

Dynamique des génomes et adaptation microbienne

Présentation

L’unité Dynamique des génomes et Adaptation Microbienne (DynAMic) est une unité mixte de recherche entre l’Université de Lorraine (UL) et INRAE (Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement). Créée en 1985, sous contrat avec l’INRA depuis 1995 et UMR depuis 2001, l’unité est rattachée au département Microbiologie et Chaîne Alimentaire (MICA) d’INRAE. Le laboratoire est localisé sur le site de la Faculté des Sciences et Technologies de l’UL. Notre unité étudie deux groupes bactériens et leurs écosystèmes respectifs : les streptomycètes et le sol forestier (rhizosphère) et les streptocoques dans leurs différents écosystèmes (aliment, cavité orale et tractus digestif humain).
La thématique de recherche de l’unité concerne les mécanismes d’évolution rapide chez les bactéries. Le transfert horizontal de gènes, c’est-à-dire les échanges d’information génétique entre bactéries apparentées ou non d’un même écosystème, constitue le mécanisme prépondérant de l’évolution bactérienne. L’étude de ce phénomène inclut la caractérisation des mécanismes moléculaires du transfert de l’information génétique et de son intégration dans le génome hôte et des mécanismes de régulation de ces processus ainsi que l’étude de l’impact des séquences transférées chez la bactérie hôte (diversité du génome, nouvelles fonctions, adaptation).
Notre objectif est (i) d’approfondir notre compréhension des mécanismes moléculaires de transfert de gènes et de leur régulation (transfert d’éléments génétiques mobiles chez les streptocoques, rôle de la recombinaison homologue versus illégitime dans la variabilité génétique chez les Streptomyces) et (ii) d’étudier l’impact des gènes accessoires sur l’adaptabilité des souches. Chez les streptocoques, il s’agit d’étudier le rôle et l’impact d’éléments génétiques mobiles (éléments intégratifs et conjugatifs ou ICE et éléments intégratifs et mobilisables ou IME) dans la dissémination des résistances aux antibiotiques et dans l’émergence de pathogènes. Pour le modèle Streptomyces, il s’agit par une approche de réverse écologie de corréler la dynamique des génomes avec leur rôle fonctionnel dans l’écosystème sol, et d’étudier l’impact de la diversité du métabolisme secondaire sur les dialogues moléculaires et sur l’homéostasie des populations microbiennes au sein de la niche. Ces recherches fondamentales sont valorisées au travers de l’exploitation du métabolisme secondaire des bactéries du sol (antibiotiques, antifongiques, anticancéreux).
Nos recherches combinent génomique (genome mining et génomique comparée) avec des approches fonctionnelles (génétique bactérienne, microbiologie moléculaire, biochimie des protéines, structure).
L’UMR1128 bénéficie du soutien du Laboratoire d’Excellence ARBRE (ANR-11-LABX-0002-01). L’UMR est également soutenue dans le cadre de Lorraine Université d’Excellence (projet IMPACT Biomolécules, Mirabelle+).

Effectifs

Unité Mixte de Recherche UL/INRAE (UMR) 1128
Nombre d’équipes : 2

  • PR : 3
  • DR : 1
  • MCF : 8
  • CR : 1
  • BIATSS : 7

Responsables d’équipes :

  • ICE-TeA transfert et adaptation chez les Streptocoques :

Nathalie LEBLOND-BOURGET

  • StrADa Streptomyces adaptation :

Pierre LEBLOND

 

Coordonnées

Directeur : Bertrand AIGLE
bertrand.aigle@univ-lorraine.fr

Directrice adjointe : Sophie PAYOT LACROIX
sophie.payot-lacroix@inrae.fr

Gestionnaire : Layla RATEAU
layla.rateau@univ-lorraine.fr

Site web du labo :

http://dynamic.univ-lorraine.fr

UMR1128
Faculté des Sciences et Technologies
UNIVERSITE DE LORRAINE
Boulevard des Aiguillettes -BP 70239
54506 Vandœuvre-lès-Nancy

IAM

Interactions arbres / micro-organismes

logo IAM

Présentation

L’Unité Mixte de Recherche Interactions Arbres / Micro-organismes (IAM) Université de Lorraine (UL) / INRAE a été créée le 1er janvier 2001. Elle est issue d’une fusion entre le laboratoire INRA de Microbiologie forestière et le laboratoire de Biologie Forestière de l’Université Henri Poincaré à laquelle s’est rattaché le laboratoire INRA de Pathologie forestière en janvier 2005. Depuis sa création, l’unité présente donc la particularité d’être localisée sur deux sites géographiques distincts : le campus INRA de Champenoux et la Faculté des Sciences et technologies à Vandoeuvre-lès-Nancy. En 2020, suite à la fusion entre les instituts de recherche INRA et IRSTEA, l’UMR est sous la double tutelle de l’Université de Lorraine et INRAE. Depuis 2020, l’unité est dirigée par un directeur (S. Duplessis, DR INRAE) assisté de deux directeurs adjoints (P. Frey, DR INRAE & N. Rouhier, PR UL). Elle est composée de 44 personnels permanents (31 INRAE, 13 UL) et elle accueille une cinquantaine de personnels non-permanents par an.

Depuis sa création, la mission première de l’UMR IAM est d’approfondir les connaissances sur la biologie et l’écologie des interactions entre micro-organismes et arbres forestiers avec l’objectif d’améliorer la compréhension du fonctionnement des écosystèmes forestiers et de pouvoir à terme proposer une gestion durable de ces écosystèmes dans le contexte actuel d’intensification des activités humaines et de changement global. Cette continuité thématique, articulée principalement autour de la compréhension des interactions s’établissant entre les arbres et la cohorte de micro-organismes (bactéries et champignons) qui leurs sont associés au sein des écosystèmes forestiers, se structure autour de deux axes : la biologie intégrative et l’écologie de ces interactions.

Ces axes structurants permettent d’aborder l’étude de ces interactions par des approches multidisciplinaires et complémentaires et ce à différentes échelles spatio-temporelles. Cette structuration nous semble pertinente pour répondre aux trois objectifs scientifiques principaux que nous nous sommes fixés à savoir :

  • La compréhension des mécanismes moléculaires, écologiques et environnementaux régissant les interactions entre les arbres et les micro-organismes
  • La compréhension du rôle fonctionnel des interactions entre arbres et micro-organismes au sein des écosystèmes forestiers
  • La compréhension des processus régissant l’évolution et l’adaptation des associations arbres / micro-organismes pour permettre une meilleure anticipation des impacts potentiels liés aux changements globaux

L’unité IAM est structurée en trois équipes de recherche :

  • Ecogénomique des interactions (Responsable : Stéphane Uroz, DR INRAE) :

Cette équipe développe un projet qui vise à décrypter les mécanismes moléculaires qui régissent le continuum d’interactions entre arbres, champignons, bactéries et sol afin d’améliorer la compréhension de la structure et de la fonction des communautés microbiennes forestières, à travers trois axes de recherche interconnectés, (i) génomique évolutive des modes de vie fongiques, (ii) mécanismes moléculaires des interactions arbres-champignons-bactéries-sols et (iii) diversité et fonction des communautés microbiennes.

  • Ecologie des champignons pathogènes forestiers (Responsable : Pascal Frey, DR INRAE) :

Cette équipe travaille sur l’étude de l’écologie, de l’épidémiologie et de la biologie évolutive des maladies émergentes des arbres forestiers et notamment sur quelques-unes des principales maladies forestières (rouille du peuplier, chalarose du frêne, dépérissement des aulnes, oïdium du chêne).

  • Réponse aux stress et régulation redox (Responsable : Mélanie Morel-Rouhier, PR UL) :

Forte d’une expertise dans l’analyse structure/fonction des protéines, cette équipe développe deux axes de recherche, (i) la réponse aux contraintes environnementales des arbres et plus globalement des plantes et (ii) la dégradation de la matière organique par les champignons saprophytes au sein des écosystèmes forestiers.

Effectifs

Unité mixte de recherche UL/INRAE (UMR_A) 1136, nombre d’équipes : 3

  • PR : 2
  • DR : 7
  • MCF : 6
  • IR : 5
  • CR : 3
  • BIATSS : 21

Coordonnées

Directeur :

Sebastien DUPLESSIS (INRAE)
sebastien.duplessis@inrae.fr

Directeurs adjoints :

Pascal FREY (INRAE)
pascal.frey@inrae.fr

Nicolas ROUHIER (Université de Lorraine)
nicolas.rouhier@univ-lorraine.fr

Site web du labo : https://mycor.nancy.inra.fr/IAM

Gestionnaires :

Corinne TEISSIER (Université de Lorraine)
corinne.teissier@univ-lorraine.fr

Agnès DIDIER (INRAE)
agnes.didier@inrae.fr

Marie Claude MONCHABLON (INRAE)
marie-claude.monchablon@inrae.fr

Nicole THIRION (INRAE)
nicole.thirion@inrae.fr

Faculté des Sciences et Technologies
Entrée 1B, 3ème Etage
Boulevard des Aiguillettes -BP 70239
54506 Vandœuvre-lès-Nancy

Institut National de la Recherche Agronomique
Centre INRA Nancy-Lorraine
Route d’Amance
54280 Champenoux

LAE

Laboratoire agronomie et environnement

Présentation

L’Unité Mixte de Recherche Laboratoire Agronomie et Environnement (LAE) UL-INRA-Nancy-Colmar a été créée le 1er janvier 2001, par la fusion du laboratoire « Agronomie et Environnement », unité de l’INPL-ENSAIA de Nancy associée à l’INRA depuis 1987, et du Laboratoire d’Agronomie de l’INRA de Colmar (http://lae.univ-lorraine.fr/accueil/). Depuis sa création, l’Unité présente donc la particularité d’être localisée sur 2 sites géographiques distincts : l’ENSAIA (Nancy) et le Centre INRA de Colmar. L’UMR a été évaluée et renouvelée pour les contrats quadriennaux 2005-2008, 2009-2012 et le contrat quinquennal 2013-2017. L’unité est pilotée par un directeur (F. Bourgaud, PR UL) assisté de deux directeurs adjoints (S. Plantureux (PR UL) et C. Bockstaller (IR INRA). L’ensemble des personnels du LAE (10 enseignant-chercheurs, 2 chercheurs INRA et 12 BIATSS) ainsi que les tutelles ont approuvé la candidature de Christophe Robin (DR INRA) pour porter le nouveau projet d’unité sur la période 2018-2022.

Les objectifs des recherches menées au sein du LAE sont de comprendre le fonctionnement 1) des plantes en situation de contraintes et 2) des systèmes de production végétale, en s’intéressant aux conséquences agronomiques et environnementales de ce fonctionnement. Parmi les enjeux des recherches du LAE figurent l’intensification écologique de la production, le maintien de la biodiversité dans les écosystèmes, le biocontrôle. Le LAE a mené une politique RH permettant d’agréger au sein de l’unité des personnels ayant des compétences complémentaires capables d’utiliser des outils tels que l’Ecophysiologie, la Microbiologie, les Mathématiques, la Biologie Moléculaire, l’Enzymologie ou la Biochimie. Les travaux réalisés dans l’unité sont conduits en interaction avec des équipes de recherches publiques nationales et internationales et avec des structures privées.

Le LAE est structuré en 2 équipes dont les thématiques de recherche sont centrées sur le fonctionnement de la plante en interaction avec son environnement. L’équipe « Métabolisme secondaire » s’intéresse plus particulièrement à la compréhension du métabolisme secondaire essentiel dans les processus d’adaptation des végétaux à leur environnement. En utilisant des approches d’écophysiologie et de génie métabolique, elle cherche à évaluer la réponse de certaines plantes aux contraintes biotiques et abiotiques. L’équipe « Agriculture Durable » étudie les plantes dans leur environnement, de la parcelle agricole jusqu’au paysage, en cherchant à comprendre et modéliser les relations entre la gestion des milieux (cultures, prairies et bords de parcelles), la biodiversité et les services écosystémiques. Ces travaux conduisent à la mise au point de méthodes et d’outils d’évaluation des impacts environnementaux de pratiques agricoles.

Effectifs

Unité Mixte de Recherche UMR 1121 UL/INRAE
Nombre d’équipes : 2

  • PR : 2
  • DR : 1
  • MCF : 7
  • IR : 5
  • CR : 1
  • BIATSS : 10

Coordonnées

Directeur : Christophe ROBIN
christophe.robin@univ-lorraine.fr

Directeur adjoint : Olivier THEROND
oliviertherond@inrae.fr

Gestionnaires :

Thamara OLIVIER (Université de Lorraine, site de Nancy)
thamara.olivier@univ-lorraine.fr

Nathalie CARNOVALE (Inra, site de Colmar)
nathalie.carnovale-kopp@colmar.inrae.fr

Site web du labo : http://lae.univ-lorraine.fr

Centre Inra Grand Est-Colmar
UMR Agronomie et Environnement Nancy
28 Rue de Herrlisheim
68000 COLMAR

ENSAIA Université de Lorraine
Laboratoire Agronomie et Environnement
2 Avenue de la forêt de Haye BP 172
54505 Vandœuvre-lès-Nancy Cedex

LIBio

Laboratoire d'ingéniérie des biomolécules

Présentation

Le Laboratoire d’Ingénierie des Biomolécules (LIBio) est une Equipe d’Accueil (EA 4367) de l’Université de Lorraine hébergée à l’Ecole Nationale Supérieure d’Agronomie et des Industries Alimentaires (ENSAIA). Le LIBio est certifié ISO 9001.

Le projet de recherche prend en compte les défis sociétaux et économiques actuels que sont la valorisation des agro-ressources à des fins alimentaires et non alimentaires et l’amélioration de la santé des personnes par l’apport d’aliments fonctionnels.

Le laboratoire possède un ensemble de compétences pour mener des recherches interdisciplinaires alliant des concepts et méthodes en physico-chimie, biochimie, microbiologie et génie des procédés. Le LIBio positionne ses recherches sur la conception rationnelle de matrices et vecteurs biosourcés, adaptées au transfert de différents composés actifs et d’ingrédients alimentaires ou aliments, à fonctionnalités données. Des agro-ressources de diverses origines – principalement laitières, végétales et marines – sont valorisées et transformées soit directement soit après obtention de biomolécules, extraites grâce à la mise en place de procédés d’extraction de « chimie verte ».

 

L’objectif scientifique est la compréhension des phénomènes intervenants dans la structuration de la matière, de l’échelle nanométrique à l’échelle macroscopique. Des architectures supramoléculaires sont conçues de façon rationnelle, en prenant en compte l’impact de la nature des macromolécules biosourcées utilisées (nature des protéines, lipides, polysaccharides), des conditions de structuration (environnement, bioprocédé, formulation), des interactions abiotiques et de la composante biotique (bactéries, cellules eucaryotes) sur la structuration des systèmes, de façon à leur conférer les propriétés et fonctionnalités ciblées. Pour certaines applications, les polymères biosourcés sont fonctionnalisés par voie enzymatique afin de modifier leurs propriétés et permettre de créer des architectures fonctionnelles par auto-assemblage. Les différentes architectures peuvent être combinés afin de concevoir des structures hybrides permettant d’améliorer leurs propriétés fonctionnelles et biologiques.

Effectifs

Equipe d’Accueil (EA) 4367
Nombre d’équipes : 1

  • PR : 7
  • MCF : 8
  • IR : 2
  • BIATSS : 10

Coordonnées

Directrice : Anne Marie REVOL
anne-marie.revol@univ-lorraine.fr

Directrice adjointe : Claire GAIANI
claire.gaiani@univ-lorraine.fr

Gestionnaire : Anne Robustelli
anne.robustelli@univ-lorraine.fr

Site web du labo : http://libio.univ-lorraine.fr/

LIBio ENSAIA Université de Lorraine
2 avenue de la fôret de Haye
BP 172 – 54501 Vandœuvre-lès-Nancy

Silva

Présentation

L’UMR Silva rassemble des agents d’AgroParisTech, de l’INRAE, et de
l’Université de Lorraine afin de mener des travaux de recherche
pluridisciplinaires sur le bois, les arbres et les écosystèmes
forestiers. Elle est issue de la fusion en janvier 2018 des Unités
Mixtes de Recherche « Ecologie et Ecophysiologie Forestières » EEF et « Laboratoire d’Etude des Ressources Forêt Bois » LERFoB.
Elle a pour objectifs de développer des travaux de recherche
fondamentale et finalisée, afin de répondre aux interrogations de la
société, et en particulier des gestionnaires forestiers, sur
l’adaptation des écosystèmes forestiers aux changements globaux et sur
les services que ceux-ci fournissent comme la production de bois ou leur
contribution à l’atténuation du changement climatique.

Les objectifs de recherche sont étudiés au sein de
trois équipes de recherche complémentaires dans les approches et les
échelles d’étude :

  • L’équipe PHARE « PHysiologie de l’Arbre en Réponse à l’Environnement ».
  • L’équipe ForeSTree « Forest, Stand, Tree ».
  • L’équipe EcoSILVA « Ecologie des Forêts et des Ecosystèmes peu anthropisés »

Ces équipes de recherche sont soutenues par une plate-forme analytique ” Silvatech “, une plate-forme technique SIG-Base de données et une équipe ” Gestion administrative “.
L’UMR Silva fait partie des Laboratoires d’Excellence ” Labex-ARBRE ” et ” Labex-CEBA “, de l’Université d’Excellence de Lorraine, et du programme de mobilité AgreenSkills.

Effectifs

Unité Mixte de Recherche UMR UL/INRAE 1434
Nombre d’équipes : 3

  • PR : 3
  • DR : 7
  • MCF : 9
  • IR : 15
  • CR : 15
  • BIATSS : 61
  • Autres CH : 6

Animateurs d’équipes

  • PHARE « PHysiologie de l’Arbre en Réponse à l’Environnement » : Francis Colin (INRAE) et Didier le Thiec (INRAE)
  • ForeSTree « Forest, Stand, Tree » : Nicolas Marron (INRAE) et Fleur Longuetaud (INRAE)
  • EcoSILVA « Ecologie des Forêts et des Ecosystèmes peu anthropisés » : Jean Luc Dupouey (INRAE)

Coordonnées

Directeur : Damien BONAL
damien.bonal@inrae.fr

Directeurs adjoints :

Thiéry CONSTANT
constant@nancy.inrae.fr

Jean Claude GEGOUT
jean-claude.gegout@agroparistech.fr

Yves JOLIVET
yves.jolivet@univ-lorraine.fr

Gestionnaires:
 
Katy Poiret (UL)
Laurence Le Maout (INRAE)
Corrine Martin (AgroParisTech)
  • Plateforme d’analyse SilvaTech:
Nicolas Angéli (INRAE)
  • Plateau technique des systèmes d’informations géographiques et bases de données :

Damien MAURICE (INRAE)

Site web du labo : https://www6.nancy.inra.fr/silva/UMR-Silva

UMR SILVA
Faculté des Sciences et Technologies
Université de Lorraine
Boulevard des Aiguillettes
BP 70239
54506 Vandœuvre-lès-Nancy

UMR SILVA
Centre INRA Grand Est
Site de Nancy
Rue d’Amance
54280 Champenoux

UMR SILVA
AgroParisTech Nancy
14, rue Girardet
CS 14216
54042 Nancy cedex

URAFPA

Animal et fonctionnalités des produits animaux

Présentation

L’URAFPA est un laboratoire de l’Université de Lorraine rattaché au centre INRAE Grand Est Nancy sous forme d’USC (Unité sous contrat 0340) associée au Département PHASE « PHysiologie Animale & Systèmes d’Élevage ».

Le projet de l’unité de recherche porte sur la sécurité alimentaire et la prévention des déficits liés au vieillissement des populations, en lien avec les productions animales (aquatiques et terrestres) et la qualité des produits animaux.

Pour répondre à ces défis sociétaux, l’unité est structurée autour de trois projets de recherche.

  • Projet DAC : Domestication de nouvelles espèces en pisciculture : développement d’une approche générique et effets de la domestication (Animateur Dr S. Milla),
  • Projet MRCA : Évaluation et maîtrise des transferts de micropolluants et résidus dans la chaîne alimentaire (Animateur Pr C. Feidt),
  • Projet QUALIVIE : Qualité de l’alimentation et vieillissement (Animatrice DR F. Yen Potin),

 

Notre unité s’appuie sur quatre plateformes de recherche (Plateforme Expérimentale en Aquaculture – PEA, Plateforme Approches fonctionnelles et Structurales des Interactions Cellulaires – ASIA, Plateau d’Analyses Structurales et Métabolomiques – PASM, Plateforme Biodisponibilité et Bioactivité – Bio-DA), labellisées ou en cours de labellisation StAR LUE. L’URAFPA accueille chaque année des étudiants, doctorants, post-doctorants ou chercheurs étrangers.

Effectifs

Equipe d’Accueil (EA) 3998
Nombre d’équipe : 3

  • PR : 8
  • DR : 1
  • MCF : 14
  • IR : 2
  • CR : 1
  • BIATSS : 9

Coordonnées

Directeur : Pascal FONTAINE
p.fontaine@univ-lorraine.fr

Gestionnaire : Catherine LARRIERE
catherine.larriere@univ-lorraine.fr

Site web du labo : http://urafpa.fr

ENSAIA
UNIVERSITE DE LORRAINE
2 Avenue de la Forêt de Haye
54501 Vandoeuvre-lès-Nancy

Faculté des Sciences et Technologies
Entrée 1B – Bât Biologie
Boulevard des Aiguilettes
BP 70239
54506 Vandoeuvre-lès-Nancy